As fontes históricas disponíveis para se reconstituir o passado de Bracara Augusta, entre os sécs. V e XI, são reduzidas e consideravelmente omissas quanto à ocupação, despovoamento e/ou destruição da cidade. Por outro lado, a Arqueologia não logrou ainda fornecer um registo claro sobre a ocupação suévico-visigótica e, muito menos, quanto às consequências das incursões muçulmanas na região. Neste sentido, o período histórico que medeia entre 411, data em que a região de Braga foi entregue, por partilha, aos Suevos e o séc. XI, em que se organizou a cidade medieva, em torno da Sé, é ainda muito mal conhecido. 

Tendo em conta os dados fornecidos pela Arqueologia é possível admitir que a ocupação suévica de Bracara Augusta não tenha determinado o imediato declínio da cidade. Se algumas construções foram sacrificadas, como parece acontecer com as termas públicas do Alto da Cividade, que deixaram de funcionar no séc. V, outras foram certamente erguidas ao longo daquele século, como parece ter acontecido na zona da Sé e um pouco por todo o extenso perímetro da cidade romana.  

A continuidade da vida urbana, ao longo do séc. V, surge-nos igualmente demonstrada pelos enterramentos realizados nas diferentes necrópoles romanas conhecidas, por um bom ritmo de importações de cerâmica, entre os sécs. V/VI e pela persistência de ateliers de cerâmica comum local e regional. Quer os materiais, quer as remodelações de edifícios públicos ou privados, observadas nas escavações que vêm sendo realizadas, parecem revelar que a cidade resistiu mesmo às perturbações decorrentes do saque de Teodorico, em 455, referido com grande dramatismo por Idácio.  
 

   

Com a instauração do domínio visigodo na região, no século VI (585), a cidade persistiu ainda como metrópole eclesiástica. Todavia, as realizações suévicas, e posteriormente visigóticas, em termos do urbanismo, são difíceis de precisar, tendo em conta as enormes dificuldades em datar com segurança os materiais desse período e a má qualidade da generalidade das construções, parcialmente desmanteladas em épocas posteriores. 
 

   

É possível admitir que o centro de gravidade administrativo e religioso dos sécs. V/VI tenha privilegiado a zona onde se ergue a Sé catedral, facto que poderá justificar a persistência dos quarteirões do quadrante nordeste da cidade romana, visíveis na planta da cidade medieval, enquanto que as áreas periféricas parecem ter sido paulatinamente abandonadas. 

Os dados arqueológicos são ainda mais omissos em relação à ocupação da cidade durante o séc. VII. Uma inscrição funerária datada de 618, encontrada na igreja de S. Vicente, constitui um argumento importante em favor de uma alteração da estrutura urbana, determinada pela criação de centros de culto cristãos, não raro sobre antigas áreas de necrópoles. É assim admissível que alguns sectores da antiga cidade romana tivessem sido sacrificados, pelo menos a partir do séc. VI, em benefício de núcleos residenciais, organizados em torno de basílicas martiriais e, mais tarde, de igrejas. 

Os episódios relativos à invasão/ocupação da cidade pelos muçulmanos, quando estes invadem a Galécia em 715, sob comando de Abdelazin, são bastante mal conhecidos, quer da Historiografia, quer da Arqueologia. Sucessivas incursões árabes poderão ter destruído senão a totalidade, pelo menos vastos sectores da cidade, acelerando o seu despovoamento, iniciado em épocas anteriores. No entanto, a destruição da cidade poderá, também, constituir um processo decorrente da reacção cristã contra o domínio árabe, iniciada com Afonso I das Astúrias, nos anos de 753 e 754.  

Com base nos dados disponíveis parece difícil provar se Braga chegou a ser totalmente despovoada, ou se, pelo contrário, e mau grado as sucessivas incursões e destruições, nela persistiu sempre um núcleo de população residente que se viria reforçado pela presúria de Odoário e que teria reconstruído a cidade nos sécs. IX/X. É num contexto de reabilitação da vida urbana e de reconstrução parcial da cidade, que se pode explicar a demarcação do termo de Braga, feita, em 870, pelo Conde Vimara Peres. Por outro lado, a realização, em Braga, de uma assembleia de Bispos e nobres, promovida por Vimara Peres, pressupõe que a cidade estaria ocupada e, pelo menos, parcialmente reconstruída.  

Desconhecemos, todavia, qual seria a área então ocupada, sendo presumível que boa parte da cidade romana jazesse já em ruínas, sacrificadas à construção de muitos dos novos edifícios e habitações que foram surgindo e, mais tarde, ao levantamento da cerca medieval.